我的主要研究領域是東亞思想史,集中在東亞「孟子學」與「論語學」詮釋史之研究,著有 East Asian Confucianisms: Texts in Contexts(2015) ,《孟學思想史論》共二卷 (1991, 1997) 及 Mencian Hermeneutics: A History of Interpretations in China(2000) 等書。近年來,我較感興趣的課題則是東亞儒家核心價值及其詮釋,有心於擴大東亞思想史研究之視野, 並聚焦於具有東亞特色之儒學經典詮釋傳統。最近的研究工作除探討屬於「第一序」之經典解釋之內容之外, 更重視屬於「第二序」之經典解釋方法論或解釋策略等問題,研究成果撰成《東亞儒學史的新視野》(2004)、 《德川日本論語詮釋史論》(2006;韓譯本,2011;日譯本,2014)、 《東亞儒學:經典與詮釋的辯證》(2007;韓譯本,2009;日譯本,2010)、 《東亞儒學視域中的徐復觀及其思想》(2009;法譯本,2015)、 《東亞文化交流中的儒家經典與理念:互動、轉化與融合》(2010;韓譯本,2012)、 Humanism in East Asian Confucian Contexts (2010) 、黃俊傑著,藤井倫明、水口幹記譯:《東アジア思想交流史――中国・日本・台湾を中心として――》 (東京:岩波書店,2013年)等書。另編輯有 Dao Companion to Japanese Confucian Philosophy (與John Allen Tucker 合編,Springer,2014)、 The Book of Mencius and Its Reception in China and beyond (與Gregor Paul、Heiner Roetz合編)、《東亞論語學:中國篇》、 《経書解釈の思想史:共有と多様の東アジア》(與辻本雅史合編)。

   另外,我對戰後臺灣史也深感興趣,巨變目擊,別有會心,早年曾撰寫《農復會與臺灣經驗,1949-1979》、 《戰後臺灣的教育與思想》、《戰後臺灣的轉型及其展望》、《臺灣意識與臺灣文化》及 Taiwan in Transformation, Retrospect and Prospect (Transaction Publisher, 2006初版, 2014 增訂新版)。

  我在專業研究工作之餘,也參與大學通識教育改革工作,並出版《轉變中的大學通識教育:理念、現況與展望》 (2006,2015新版)、《全球化時代大學通識教育的新挑戰》(2004,2015新版)、 《大學通識教育探索:臺灣經驗與啟示》(2002,2015新版)、《大學通識教育的理念與實踐》(1997,2015新版) ,另編輯《二十一世紀大學教育的新展望》、《二十一世紀大學教育的新挑戰》、《大學理念與實踐》、 《大學理念與校長遴選》等書。